La Facoltà di Teologia si propone di offrire una trattazione approfondita della dottrina cattolica secondo il metodo scientifico che le è proprio e con particolare attenzione alla Scuola francescana e alla sua tradizione.
Lo Studium Biblicum Franciscanum di Gerusalemme fu fondato nel 1901 dalla Custodia Francescana di Terra Santa. Ramo parallelo della Facoltà di Teologia della Pontificia Università Antonianum dal 1982, nel 2001 lo Studio, in riconoscimento dell'alto livello scientifico e formativo raggiunto, è stato eretto a Facoltà di Scienze bibliche e d'Archeologia.
La Facoltà di Diritto Canonico si propone di promuovere le discipline canonistiche della Chiesa, alla luce della legge evangelica e con riferimento al diritto comune e universale della Chiesa e al diritto francescano.
La Facoltà di Filosofia si propone di promuovere, con l'insegnamento e la ricerca scientifica, un'adeguata formazione degli studenti riguardo ai problemi concernenti «l'uomo, il mondo, Dio» (Sapientia Christiana 79, 1), sulla base del patrimonio della philosophia perennis cristiana e con particolare attenzione alla Scuola francescana e alla sua tradizione.