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La storia della Pontificia Università Antonianum prese avvio nel 1887, anno in cui padre Bernardino Del Vago da Portogruaro, Ministro Generale dell'Ordine dei Frati Minori, portò a maturazione il progetto di rifondare, a Roma, uno studio generale per tutto l'Ordine.
Costruita la sede in prossimità del Laterano, il 20 novembre 1890, con la benedizione di Leone XIII, fu inaugurata l'attività accademica del Collegium S. Antonii Patavini in Urbe. Il 17 maggio 1933, Pio XI dichiarò canonicamente eretto l'Athenaeum Antonianum de Urbe, a cui, il 14 giugno 1938, avrebbe concesso il titolo di "Pontificio".
L'11 gennaio 2005, Giovanni Paolo II ha concesso al Pontificio Ateneo Antonianum il titolo di "università pontificia"